8월에 직원이 퇴사하면 경리 담당자 머릿속이 복잡해지죠. 4대보험 상실신고에 퇴직금 계산까지 챙겼는데, 연말정산은 “연말에 하는 거 아닌가” 싶어 넘어가기 쉽습니다.
아닙니다. 중도퇴사자 연말정산은 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 회사가 합니다. 소득세법 제137조 제1항이 “다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때”라고 두 시점을 나란히 적어 두었어요.
이 글은 회사 담당자가 8월 퇴사자 한 명을 처리할 때 무엇을, 언제까지 해야 하는지를 조문 기준으로 정리했습니다.
📅 중도퇴사자 연말정산은 언제, 누가 하나요?
퇴사하는 회사가, 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 합니다. 직원이 요청해야 해 주는 서비스가 아니라 원천징수의무자에게 지워진 법정 의무입니다(소득세법 제137조 제1항).
정산 대상 기간은 그해 1월 1일부터 퇴직하는 날까지입니다. 같은 조문이 “퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다”고 괄호로 못 박아 두었어요.
| 구분 | 계속 근무하는 직원 | 중도퇴사자 |
|---|---|---|
| 정산 시점 | 다음 해 2월분 급여 지급 시 | 퇴직하는 달의 급여 지급 시 |
| 정산 대상 기간 | 1월 1일 ~ 12월 31일 | 1월 1일 ~ 퇴직하는 날 |
| 적용 공제 | 공제신고서 기준 전체 | 서류 없으면 본인 기본공제 + 표준세액공제 |
| 추가납부세액 분납 | 10만 원 초과 시 2~4월분 분납 가능 | 퇴직하는 달에 한 번에 정산 |
| 근거 | 소득세법 제137조 제1항·제4항 | 소득세법 제137조 제1항·제3항 |
여기서 하나 짚고 갈 게 있어요. 추가납부세액이 10만 원을 넘으면 2월분부터 4월분까지 나눠 원천징수할 수 있다는 규정(제137조 제4항)은 계속근로자 이야기입니다. 퇴사자는 이번 달이 마지막 급여라 나눌 달 자체가 없어요. 그래서 세금이 한 번에 빠져나가고, 직원이 “왜 마지막 월급이 이것밖에 안 되냐”고 묻는 상황이 생깁니다.
그럼 정산을 마친 뒤 발급하는 원천징수영수증은 언제까지 줘야 할까요?
🧾 퇴사자 원천징수영수증은 언제까지 발급해야 하나요?
퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지입니다(소득세법 제143조 제1항 단서).
문장이 길어서 한 번에 안 읽히죠. 핵심은 퇴사일이 아니라 그 달 급여를 실제로 준 날이 기준이라는 점이에요. 이 문장은 2025년 10월 1일 개정으로 다듬어져 2026년 1월 1일부터 시행 중인 현행 조문입니다.
급여를 언제 주느냐로 기한이 한 달 갈립니다
같은 8월 20일 퇴사자인데, 급여 지급 방식에 따라 발급기한이 이렇게 달라집니다.
| 구분 | 당월 지급 회사 | 익월 지급 회사 |
|---|---|---|
| 퇴사일 | 2026년 8월 20일 | 2026년 8월 20일 |
| 8월분 급여 지급일 | 8월 25일 | 9월 10일 |
| 지급일이 속하는 달 | 8월 | 9월 |
| 원천징수영수증 발급기한 | 9월 30일 | 10월 31일 |
| 원천세 신고·납부 기한 | 9월 10일 | 10월 10일 |
원천세 신고·납부는 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지라는 별도 규정을 따릅니다(소득세법 제128조 제1항). 발급기한과 신고기한이 서로 다른 조문이라 헷갈리기 쉬우니, 퇴사 처리할 때 두 날짜를 같이 적어 두세요.
기한을 지켰다면 이제 정산 내용 자체를 볼 차례입니다. 여기서 직원 돈이 갈립니다.
🧮 퇴사할 때 정산하면 왜 세금을 더 내게 되나요?
공제신고서를 내지 않은 직원에게는 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해서 계산하기 때문입니다.
소득세법 제137조 제3항이 그렇게 정하고 있어요. “신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 (중략) 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다.”
표준세액공제는 연 13만 원입니다(소득세법 제59조의4 제9항 제1호). 의료비도, 보험료도, 기부금도, 부양가족 공제도 전부 빠진 상태로 정산이 끝나는 거예요.
얼마나 차이 날까요 (가정 예시)
2026년 8월 20일에 퇴사한 직원의 1~8월 총급여가 3,200만 원이고, 과세표준이 1,400만 원 초과 5,000만 원 이하 구간에 들어간다고 해 볼게요. 이 구간의 세율은 15%, 누진공제액은 126만 원입니다(국세청 종합소득세 세율).
이 직원에게 원래 반영됐어야 할 항목이 아래와 같았다고 가정하면,
- 반영되지 못한 소득공제 300만 원 (연금보험료·보험료 등)
- 반영되지 못한 세액공제 40만 원 (의료비·기부금 등, 표준세액공제 13만 원으로 대체됨)
| 항목 | 계산 | 더 낸 세금 |
|---|---|---|
| 소득공제 누락 | 300만 원 × 15% | 450,000원 |
| 세액공제 차이 | 40만 원 − 13만 원 | 270,000원 |
| 합계 | 720,000원 |
지방소득세(소득세의 10%)까지 더하면 실제 차이는 더 벌어집니다. 물론 이 돈이 사라지는 건 아니에요. 뒤에서 되찾는 방법을 정리했습니다.
퇴사자 급여 계산이 매달 손으로 돌아가는 구조라면, 정산 실수보다 더 자주 새는 곳은 사실 회사 통장 쪽입니다. 나가는 돈은 날짜가 정해져 있는데 들어올 돈은 그렇지 않다면 청구와 입금 확인을 한 흐름으로 묶는 방법도 한 번 살펴보실 만해요.
🔁 이직하면 전 직장 급여는 어떻게 합산하나요?
새 회사가 두 곳의 근로소득을 합쳐서 연말정산을 합니다. 직원이 종전 근무지에서 받은 근로소득을 포함해 공제신고서를 제출하면, 새 회사의 원천징수의무자가 합산 금액에 대해 제137조에 따라 원천징수합니다(소득세법 제138조 제1항).
직원이 준비할 것은 딱 하나예요. 전 직장에서 받은 근로소득 원천징수영수증입니다. 그래서 앞에서 본 발급기한이 중요합니다. 회사가 영수증을 늦게 주면 직원은 새 직장 연말정산을 제때 못 합니다.
한 해에 두 번 퇴사한 경우도 같은 방식으로 처리합니다. 제138조 제2항이 “그 과세기간의 중도에 또다시 퇴직한 자”에게 제1항을 준용한다고 정해 두었어요.
퇴사한 직원 쪽 이야기는 여기까지입니다. 이제 회사가 국세청에 내야 할 것을 볼게요.
📤 회사가 챙길 신고와 서류는 무엇인가요?
퇴사자 한 명이 생기면 회사가 처리할 일은 정산 → 원천세 신고·납부 → 영수증 발급 → 지급명세서 제출의 네 가지입니다.
| 순서 | 할 일 | 기한 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 1 | 퇴직하는 달 급여 지급 시 연말정산 | 급여 지급일 | 소득세법 제137조 제1항 |
| 2 | 원천세 신고·납부 | 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일 | 소득세법 제128조 제1항 |
| 3 | 원천징수영수증 발급 | 급여 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일 | 소득세법 제143조 제1항 |
| 4 | 근로소득 지급명세서 제출 | 다음 해 3월 10일 | 소득세법 제164조 제1항 |
회사가 문을 닫으면 지급명세서 기한이 앞당겨집니다
여기가 놓치기 쉬운 지점이에요. 지급명세서 제출기한은 원칙적으로 다음 해 3월 10일이지만, 휴업·폐업 또는 해산한 경우에는 그 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지로 바뀝니다(소득세법 제164조 제1항).
예를 들어 8월에 폐업했다면 3월 10일이 아니라 10월 31일까지 제출해야 합니다. 사업을 정리하는 정신없는 시기에 기한이 오히려 당겨지는 구조라, 폐업 일정이 잡히면 지급명세서를 먼저 챙기셔야 해요.
지급명세서를 늦게 내면
제출하지 않은 분의 지급금액에 1% 가산세가 붙습니다. 다만 제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하면 절반인 0.5%로 줄어듭니다(소득세법 제81조의11 제1항 제1호 가목).
지급금액 기준이라는 점이 중요해요. 세액이 아니라 그 직원에게 지급한 급여 총액에 비율을 곱합니다. 퇴사자 한 명 총급여가 3,200만 원이면 1%는 32만 원입니다.
💸 직원이 놓친 공제는 어떻게 되찾나요?
방법은 두 가지입니다. 아직 신고 전이면 5월 종합소득세 확정신고, 이미 지나간 해라면 경정청구입니다.
- 다음 해 5월 종합소득세 확정신고: 연말까지 재취업하지 않았다면 회사가 대신 정산해 줄 곳이 없습니다. 본인이 홈택스에서 종합소득세를 신고하면서 빠진 공제를 직접 넣으면 됩니다. 대부분 환급으로 끝납니다.
- 경정청구: 이미 신고가 끝난 과거 연도는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 하면 됩니다. 3년 전 퇴사한 해의 의료비 공제도 아직 살아 있는 경우가 많아요.
절차와 서류는 연말정산 경정청구 방법·기한 정리에서 단계별로 보실 수 있습니다.
✅ 퇴사 처리, 이 순서대로 하면 됩니다
- 퇴사일 확정 — 마지막 근무일과 그 달 급여 지급일을 함께 적어 둡니다. 이 두 날짜가 모든 기한의 기준입니다.
- 공제 서류 안내 — 급여 지급 전에 공제신고서를 받을 수 있는지 확인합니다. 받으면 정식 정산, 못 받으면 약식 정산입니다.
- 퇴직하는 달 급여에서 정산 — 1월부터 퇴직일까지의 소득으로 연말정산을 하고 결과를 급여에 반영합니다.
- 원천세 신고·납부 — 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 처리합니다.
- 원천징수영수증 발급 — 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 직원에게 줍니다.
- 지급명세서 제출 — 다음 해 3월 10일까지. 휴업·폐업했다면 기한이 앞당겨집니다.
4대보험 상실신고와 퇴직금 원천징수는 같은 시기에 함께 몰립니다. 상실일 계산과 퇴직정산은 4대보험 상실신고 기한·방법 정리에서, 퇴직금 세금 계산은 퇴직금 세금 계산법 정리에서 확인하세요. 연간 연말정산 전체 흐름은 연말정산 기간·절차 가이드에 정리돼 있습니다.
자주 묻는 질문
Q. 중도퇴사자 연말정산은 언제 하나요? 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 합니다. 2월에 하는 계속근로자 연말정산과 달리, 퇴사한 달의 마지막 급여를 계산하면서 그해 1월부터 퇴직일까지의 소득을 정산합니다.
Q. 중도퇴사자 연말정산은 누가 하나요? 퇴사하는 회사, 즉 원천징수의무자가 합니다. 직원이 신청해야 해 주는 절차가 아니라 소득세법 제137조 제1항이 정한 회사의 의무입니다.
Q. 퇴사자 원천징수영수증은 언제까지 발급해야 하나요? 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지입니다. 퇴사일이 아니라 그 달 급여를 실제로 지급한 날이 기준이에요.
Q. 왜 중도퇴사자는 세금을 더 내게 되나요? 공제신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제 13만 원만 적용해 계산하기 때문입니다. 의료비·보험료·기부금·부양가족 공제가 빠진 상태로 정산이 끝납니다.
Q. 퇴사할 때 공제 서류를 내면 회사가 반영해 주나요? 가능합니다. 퇴직하는 달의 급여를 지급하기 전에 근로소득자 소득·세액 공제신고서와 증빙을 제출하면 그 내용대로 정산합니다. 다만 실무상 기간이 촉박한 경우가 많습니다.
Q. 이직하면 전 직장 급여는 어떻게 하나요? 새 회사에 전 직장 근로소득 원천징수영수증을 제출하면 새 회사가 두 곳의 근로소득을 합쳐 연말정산을 합니다(소득세법 제138조 제1항).
Q. 한 해에 두 번 퇴사했으면 어떻게 하나요? 같은 방식으로 합산합니다. 소득세법 제138조 제2항이 과세기간 중도에 또다시 퇴직한 사람에게 제1항을 준용하도록 정해 두었습니다.
Q. 연말까지 재취업을 못 하면 어떻게 하나요? 다음 해 5월 종합소득세 확정신고 때 본인이 직접 신고하면서 빠진 공제를 반영하면 됩니다. 이때 대부분 세금을 돌려받습니다.
Q. 지급명세서를 늦게 내면 가산세가 얼마인가요? 제출하지 않은 분의 지급금액의 1%입니다. 제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하면 0.5%로 줄어듭니다(소득세법 제81조의11).
Q. 폐업하면 지급명세서 기한도 3월 10일인가요? 아닙니다. 휴업·폐업 또는 해산한 경우에는 그 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출해야 합니다. 8월에 폐업했다면 10월 31일까지입니다.
📚 참고한 1차 출처
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제137조 (퇴직자는 퇴직하는 달의 근로소득 지급 시 정산, 제3항 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용, 제4항 10만 원 초과 시 2~4월분 분납)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제143조 (중도퇴직자는 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제138조 (재취직자 합산 연말정산, 제2항 재차 퇴직 시 준용)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제164조 (근로소득 지급명세서 다음 해 3월 10일, 휴업·폐업·해산은 다음다음 달 말일)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제128조 (원천징수세액은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제59조의4 (표준세액공제 연 13만 원)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제81조의11 (지급명세서 미제출 1%, 3개월 이내 제출 0.5%)
- 국세청 — 종합소득세 세율 (1,400만 원 초과 5,000만 원 이하 15%, 누진공제 126만 원)
퇴사 처리 체크리스트에 “원천징수영수증 발급일”을 한 칸 만들어 두세요. 급여 지급일만 적어 두면 기한은 자동으로 계산됩니다.
