“직원이 스톡옵션을 행사한다는데, 우리가 뭘 해야 하죠?” 요즘 벤처·스타트업 경리 담당자에게 이 질문이 부쩍 늘었습니다. 주식을 준 것도 아니고 판 것도 아닌데 세금이 나온다는 게 헷갈리시죠.
핵심은 두 줄이에요. 행사하는 순간 시가와 행사가격의 차액이 소득으로 잡히고, 그 소득을 회사가 원천징수해야 합니다.
벤처기업이면 연 2억원까지 비과세되고, 신청하면 5년에 나눠 낼 수도 있어요. 회사가 내야 하는 명세서와 기한까지 한 번에 정리했습니다.
💰 스톡옵션을 행사하면 세금이 언제, 얼마나 나오나요?
행사하는 시점에 과세됩니다. 금액은 행사 당시 시가에서 실제 매수가액(행사가격)을 뺀 차액이에요.
여기서 많은 분이 놀라십니다. 주식을 아직 팔지도 않았는데 세금부터 나오거든요.
비유하자면 이렇습니다. 회사가 1만원짜리 물건을 직원에게 5천원에 살 권리를 줬다면, 직원이 그 권리를 쓰는 순간 5천원어치를 회사에서 받은 것으로 봅니다. 현금이 아니라 주식으로 받은 보상인 셈이죠.
그럼 이 소득은 무슨 소득으로 잡힐까요? 여기서 처음 갈림길이 나옵니다.
🔀 재직 중 행사와 퇴직 후 행사는 세금이 다른가요?
다릅니다. 소득 종류 자체가 바뀝니다.
- 재직 중 행사 → 근로소득(소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호)
- 퇴직 후 행사 또는 고용관계 없이 부여받아 행사 → 기타소득(소득세법 제21조 제1항 제22호)
| 구분 | 재직 중 행사 | 퇴직 후 행사 |
|---|---|---|
| 소득 종류 | 근로소득 | 기타소득 |
| 근거 | 소득령 제38조 제1항 제17호 | 소득법 제21조 제1항 제22호 |
| 원천징수 | 근로소득 간이세액표 적용 | 기타소득 원천징수(지방세 포함 22%) |
| 연말정산 | 그해 급여에 합산해 정산 | 대상 아님 |
| 종합소득세 | 연말정산으로 종결 | 다음 해 5월 합산 신고 |
퇴직자 처리에서 사고가 많이 납니다. 회사를 떠난 사람이라 급여 대장에 없는데도 회사는 여전히 원천징수의무자거든요.
기타소득은 필요경비가 인정되지 않는 유형이라 행사이익 전액이 과세 대상이 됩니다. 기타소득 원천징수 실무는 기타소득 원천징수 세율·계산에 정리해 두었어요.
🎁 벤처기업이면 2억원까지 세금이 없다는데 사실인가요?
사실입니다. 다만 한도가 두 개라는 걸 꼭 기억하세요.
조세특례제한법 제16조의2는 벤처기업 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사해 얻은 이익 중 연간 2억원 이내를 비과세합니다. 그리고 단서가 하나 붙어요.
🔴 웹에 떠도는 글 중 아직 “연 5,000만원까지 비과세”로 적힌 것이 많은데, 이건 옛 기준이에요. 2023년 1월 1일 이후 행사분부터 연 2억원입니다.
비과세 대상이 되려면 근거 규정도 맞아야 합니다. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 것이거나, 상법 제340조의2·제542조의3에 따라 부여받은 것 중 코넥스 상장기업에서 받은 것으로 한정돼요(같은 조 제2항).
그리고 반가운 점이 하나 있습니다. 비과세 특례는 퇴직 후 행사하는 경우도 포함한다고 조문에 명시돼 있어요. 소득 종류가 기타소득으로 바뀌어도 2억원 비과세는 그대로 살아 있습니다.
그럼 회사는 뭘 해야 할까요? 여기부터가 경리 담당자의 일입니다.
🧾 회사(경리)가 해야 할 일은 뭔가요?
명세서 제출과 원천징수, 두 가지입니다. 기한이 서로 다르니 달력에 따로 적어 두세요.
| 무엇을 | 누가 | 언제까지 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 특례적용신청서 제출 | 직원 → 회사 | 행사일이 속한 달의 다음 달 5일 | 조특령 제14조의3 제2항 |
| 특례적용대상명세서 제출 | 회사 → 세무서 | 행사일이 속한 달의 다음 달 10일 | 조특령 제14조의3 제3항 |
| 원천세 신고·납부 | 회사 → 세무서 | 행사일이 속한 달의 다음 달 10일 | 소득세법 제128조 |
| 비과세특례적용명세서 제출 | 회사 → 세무서 | 다음 연도 2월 말일 | 조특령 제14조의2 제2항 |
비과세특례적용명세서는 예외가 있습니다. 납부특례나 과세특례를 적용받으려고 특례적용대상명세서를 이미 제출했다면 따로 낼 필요가 없어요(조특령 제14조의2 제2항 단서).
🗓 세금을 5년에 나눠 낼 수 있다던데요?
가능합니다. 조세특례제한법 제16조의3의 납부특례예요. 행사이익은 큰데 주식은 아직 못 팔아 현금이 없는 상황을 풀어 주는 장치입니다.
구조는 이렇습니다.
- 직원이 신청하면 회사는 원천징수를 하지 않습니다(제1항 제1호)
- 직원은 그해 종합소득세 신고 때 세액의 5분의 1만 납부합니다(제2호)
- 나머지는 다음 4개 연도의 종합소득세 신고 때 4분의 1씩 나눠 냅니다(제3호)
경리 실무에서 가장 위험한 건 5일입니다. 직원이 행사일이 속한 달의 다음 달 5일까지 특례적용신청서를 회사에 내지 않으면, 회사는 원칙대로 원천징수를 해야 해요.
나중에 직원이 “나는 분할납부하려고 했는데”라고 해도 되돌릴 수 없습니다. 행사 계획이 잡히는 순간 안내 메일을 먼저 보내 두는 게 안전해요.
📈 행사할 때 말고 팔 때 내는 방법도 있나요?
있습니다. 조세특례제한법 제16조의4의 과세특례입니다. 신청하면 행사 시점에는 소득세를 과세하지 않고, 나중에 그 주식을 양도할 때 양도소득세로 냅니다.
근로소득 누진세율(최고 45%)이 아니라 양도소득세로 넘어가는 것이라 세 부담이 크게 달라질 수 있어요.
대신 요건이 까다롭습니다.
- 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 스톡옵션일 것
- 행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액 합계가 5억원 이하일 것
- 2027년 12월 31일 이전에 부여받았을 것
법인 쪽에도 영향이 있습니다. 과세특례를 적용해 소득세를 과세하지 않은 경우, 그 스톡옵션 행사로 발생하는 비용은 회사의 손금에 산입하지 않습니다(제16조의4 제4항). 법인세 세무조정에서 반드시 잡아야 하는 항목이에요.
또 하나. 행사 당시 실제 매수가액이 부여 당시 시가보다 낮으면 그 차액(시가 이하 발행이익)은 과세특례 대상에서 빠져 행사 시점에 그대로 과세됩니다(제16조의4 제1항 단서).
🧮 실제로 얼마나 나오는지 계산해 볼게요
벤처기업 ㈜노트테크의 직원 A씨 사례입니다.
- 부여: 2024년, 행사가격 5,000원 × 20,000주
- 행사: 2026년 8월, 행사 당시 시가 17,500원
- 연봉 6,000만원, 이전에 이 회사에서 비과세받은 금액 없음
| 항목 | 금액 | 설명 |
|---|---|---|
| 행사 당시 시가 | 3억 5,000만원 | 17,500원 × 20,000주 |
| 실제 매수가액 | 1억원 | 5,000원 × 20,000주 |
| 행사이익 | 2억 5,000만원 | 시가 − 매수가액 |
| 벤처 비과세 | −2억원 | 조특법 제16조의2(연 2억원 한도) |
| 과세 대상 | 5,000만원 | 근로소득에 합산 |
A씨의 과세표준이 이미 8,800만원을 넘는 구간이라면 세율은 35%입니다. 추가 소득세는 대략 1,750만원, 지방소득세 175만원을 더해 약 1,925만원이 됩니다.
여기서 납부특례를 신청하면 어떻게 될까요? 소득세 1,750만원 중 350만원만 그해에 내고, 나머지 1,400만원을 다음 4년간 350만원씩 나눠 냅니다.
⚠️ 놓치면 사고 나는 지점 4가지
첫째, 퇴직자를 급여 대장에서 지웠다고 끝이 아닙니다. 퇴직 후 행사분은 기타소득이지만 원천징수의무는 여전히 회사에 있어요.
둘째, 5일과 10일을 헷갈리면 특례가 날아갑니다. 직원 신청서가 다음 달 5일, 회사 명세서가 다음 달 10일입니다.
셋째, 비상장 벤처기업은 시가 평가 자료가 곧 근거입니다. 행사 당시 시가를 어떻게 산정했는지 문서로 남겨 두지 않으면 나중에 과세 관청과 다툴 근거가 없어요.
넷째, 과세특례를 쓰면 회사 손금이 줄어듭니다. 직원 세금을 아껴 준 만큼 법인세 부담이 늘 수 있으니, 제도 선택은 인사가 아니라 재무가 함께 결정해야 합니다.
임원에게 부여한 경우라면 보상 한도 규정도 함께 봐야 해요. 임원 퇴직금 한도·규정에서 임원 보상의 세무 한도를 정리해 두었습니다.
💬 자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 스톡옵션을 받기만 하고 행사하지 않으면 세금이 있나요?
A. 없습니다. 부여 자체는 과세 사건이 아니고, 행사할 때 비로소 소득이 생깁니다.
Q. 행사한 주식을 팔 때 또 세금을 내나요?
A. 냅니다. 행사 시 과세된 금액은 취득가액이 되고, 그 이후의 주가 상승분에 대해 양도소득세를 냅니다. 같은 이익에 두 번 과세되는 건 아니에요.
Q. 비상장 벤처기업 주식인데 시가를 어떻게 정하나요?
A. 거래 사례가 없으면 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 산정하는 것이 일반적입니다. 평가 근거를 반드시 보관하세요.
Q. 우리 회사가 벤처기업 확인을 못 받았으면요?
A. 조특법 제16조의2·제16조의3·제16조의4는 모두 벤처기업 요건이 전제입니다. 일반 법인이면 특례 없이 근로소득으로 전액 과세되고, 회사는 그달의 원천세로 신고합니다.
Q. 벤처기업이 인수한 회사의 직원도 되나요?
A. 됩니다. 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업의 임직원도 대상입니다(조특법 시행령 제14조의2 제1항).
Q. 비과세 2억원은 사람 기준인가요, 회사 기준인가요?
A. 연 2억원은 사람 기준의 연간 한도이고, 누적 5억원은 벤처기업별 한도입니다. 회사를 옮겨 새 회사에서 받으면 누적 한도가 새로 시작됩니다.
Q. 분할납부 중에 퇴사하면 어떻게 되나요?
A. 납부특례는 개인의 종합소득세 신고를 통해 이어지는 구조라 퇴사 자체로 중단되지 않습니다. 다만 직원은 종합소득세 신고 때 특례적용신청서 사본을 관할 세무서에 제출해야 합니다(조특령 제14조의3 제4항).
Q. 행사이익이 커서 4대보험료도 오르나요?
A. 근로소득으로 잡히면 보수총액에 포함돼 다음 해 정산 보험료에 영향이 있습니다. 행사 규모가 크면 정산 시점의 현금 흐름까지 미리 계산해 두세요.
💡 행사이익 2억 5천만원의 세금은 달력에 박히는데, 들어올 돈은요?
원천세 기한은 다음 달 10일로 정확히 정해지는데, 거래처에서 들어올 돈은 챙기는 사람이 없으면 한없이 밀립니다. 청구스는 청구서 발송부터 입금 확인·미수 리마인드까지 고객사 명의로 자동 발송해, 도입 기업의 1개월 이상 연체를 84.3% 줄였습니다.
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